Fethiye İmam Hatip Ortaokulu'nun bulunduğu tarihi yapının kökleri, 1573 yılında Sultan II. Selim'in kızı İsmihan Sultan tarafından yaptırılan medreseye dayanmaktadır. Binada eğitim faaliyetleri 1903 yılında medrese olarak başlamış, Tevhid-i Tedrisat Kanunu'nun ardından bir süre yangın mağdurlarına ev sahipliği yapmıştır.
Çandarlı Kara Halil Numune Okulu'nun taşınmasıyla yeniden eğitime açılan bina, yıllar içinde farklı isimlerle hizmet vermiştir. Kurum, 1948-1949 döneminde Fethiye İlkokulu adını almış, 2012-2013 eğitim öğretim yılında ise Fethiye İmam Hatip Ortaokulu'na dönüştürülmüştür.
Okul Müdürü Mehmet Ok, tarihi bir kompleks içinde yer alan binada yaklaşık 500 öğrencinin eğitim gördüğünü belirtmiştir. Yapının mimari dokusu korunarak tarihi atmosfer yaşatılmaktadır.